基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了各种异常现象。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。

聚核基因石。将变形联盟、虫王、普尔达聚集在一起，三方势力为了争夺基因石相互角逐。处于劣势的虫王在盛怒之下能量爆发，无数虫兽瞬间涌向平溪市，城市陷入大混乱。在众人的共同努力下，虫王被彻底击败，混乱才平息下来，第二次虫族危机终于告一段落。 虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战......