影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多，由巴托工业的老总巴托先生抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。

年前的科学家塞斯（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰）刚刚发明一台能传送物体的“电动传送机”，这台机器能将物体分解，传送完成后再自动合成还原。兴奋不已的塞斯决定亲自体验一下电动传送，于是，他进入了传送仓。不幸的是，一只苍蝇这时也飞进了传送仓，于是，在机器将分解后的塞斯的分子再合成时，将苍蝇的分子也合成到了塞斯的体内。塞斯成了拥有一半苍蝇基因的蝇人。 起初，塞斯的身体就像蜘蛛侠一样变得强壮和精力旺盛，他的女友维罗尼卡（吉娜•戴维斯 Geena Davis 饰）根本不相信男友的鬼话。但是，随着塞斯的身体迅速的渐渐老去，身体开始长毛，牙齿脱落，浑身冒浆，维罗尼卡渐渐接受了这个事实。她并没有遗弃男友，而是和他一起平静的接受了这个事实，即使他变得血肉模糊，她还是和他一起相拥而眠。