在北海道函馆的一场剑道大会上，名侦探柯南与西部名侦探服部平次再次卷入一场悬案。本案牵涉到怪盗基德意欲盗取的江户时代新选组副长土方岁三的日本刀，此刀不仅是传奇藏品，还与寻找能扭转幕末纷争秘宝的美籍日裔军火商有着不解之缘。随着案情的逐步深入，一连串的谜题和危机接踵而至，柯南和平次必须揭开真相，解决危机。

怪盗基德通过一份预告信宣扬着他的高调回归，也表明了他本次的目标——两把东洼荣龙的短刀。作为怪盗基德一直以来的劲敌，名侦探柯南则对此发出疑问：“他为什么会盯上这个？”对于一位宝石大盗而言，将目标锁定在刀身上，其中一定暗藏玄机。关西名侦探服部平次也向怪盗基德放出狠话，二人在月光下拔刀开战，平次脑中一闪而过的远山和叶，让人回想起平次与基德二人曾经的“一吻之仇”。刀光剑影之下，平次关键一击划破了基德的帽檐与眼镜，怪盗尴尬地露出半张脸，他的真实身份是否会因此暴露？其背后又藏着怎样的真相？