近未来，人类的各种器官均可实现移植，一时间机器人、生还人、仿生人充斥世间，与人类真假莫辨。某座繁华都市的大厦内，汉卡公司高管正与非洲来宾洽谈业务，突然宴会变成血腥大屠杀，暴走的机器人大开杀戒。隶属公安九课的米拉·基里安少佐（斯嘉丽·约翰逊 Scarlett Johansson 饰）带领巴特（皮鲁·埃斯贝克 Pilou Asbæk 饰）等手下赶往现场，平息事态。根据对暴走艺伎机器人的调查发现，被称作“久世”的神秘之人策划了这一系列的行动，而且他的目标全部指向了掌握着生化前沿尖端科技的汉卡公司及其研发人员。经过一番凶险的周旋，少佐逐渐逼近真相，同时也渐渐解开了发生在自己身上的惊天秘密…… 本片根据士郎正宗的经典原作改编。

公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。 是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。

雷·布雷斯林（西尔维斯特·史泰龙 Sylvester Stallone 饰）是最强的越狱高手，曾在8年内成功逃出14座安全防卫工程最严密的重刑监狱。他的真正身份是美国国家安全局的监狱安管专家，每一次越狱成功，就代表他能找出该个监狱的安管漏洞，进而强化改善。 这回是雷退休前的最后一次任务，要挑战传说中最滴水不漏的超级监狱“坟墓”，然而当他入狱后，却发现这不但是个深埋海底不见天日的死狱，就连他决定放弃任务，想表明身份出狱时，典狱长竟更变本加厉地折磨他。雷发现他真的被出卖了，想要逃出去，似乎只有找狱中最莫测高深的牢友“教堂”（阿诺·施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）来合作，两人不但要面对无情看守员霍布斯（詹姆斯·卡维泽 Jim Caviezel 饰），还要面对野蛮警卫（维尼·琼斯 Vinnie Jones 饰）的威胁。如何在乌烟瘴气的监狱中保持稀有的人性之光，并逃出监狱成为两人的最大挑战……

越狱专家布雷斯林（史泰龙 饰）有三个学生：周树（黄晓明 饰）、卢克和金布罗，三人性格迥异，行事风格大相径庭。在保护表弟马雨声的一次行动中，周树和表弟被一起抓进一座名为“冥府”的超级监狱。布雷斯林为了营救爱徒，在逃出海上监狱“坟墓”之后再陷 “冥府”。这一次监狱难度更高，困难升级，对抗一触即发。师徒几人在监狱中艰难保命。监狱外，同样在追查这座地下监狱的同行德罗萨（戴夫·巴蒂斯塔 饰）与他们并肩作战。最终在狱友和团队的帮助下，三人与人工智能狱长几大反派展开殊死决战，一场大战即将开启。

　越狱专家布雷斯林有三个学生：周树、卢克和金布罗，三人性格迥异，行事风格大相径庭。在保护表弟马雨声的一次行动中，周树和表弟被一起抓进一座名为“冥府”的超级监狱。布雷斯林为了营救爱徒，在逃出海上监狱“坟墓”之后再陷 “冥府”。这一次监狱难度更高，困难升级，对抗一触即发。师徒几人在监狱中艰难保命。监狱外，同样在追查这座地下监狱的同行德罗萨与他们并肩作战。最终在狱友和团队的帮助下，三人与人工智能狱长几大反派展开殊死决战，一场大战即将开启。

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。