相传一千年前，三界之内封存着上古三大神器，集齐可获上古之力。为夺三大神器，三界霍乱四起，怨气横生。就在三界将要失衡之时，有一石猴横空出世，此猴名为孙小天，手持如意乾元棍，脚踏七彩飘渺云，一双太古金睛，移星换斗，踏平诸恶。不料，怨气无形无神，却吸取石猴戾气，催生出一只九通猿猴，阻路石猴！二猴盖为神通广大，真假难辨，大战九个日夜后，九通猿猴战败，被打入弱水囚牢。石猴平息霍乱，获封圣武神猴，位列仙班，人们都叫他，大神猴。 邪圣暗中借用圣武神猴之名收服妖界四大魔王为他所用，在人间大肆搜寻三大神器，人间一时妖魔肆虐，民不聊生。邪圣由心而生，超乎三界之外，不在五行之中，唯有神猴自己才能将其彻底击溃。

影片讲述了神猴孙小天因一场突如其来的神秘大火意外来到十年后的世界，费劲力气摆脱迷妹史飘飘的纠缠后，却发现曾经的他早已葬身火海，好友谛听黑化成魔，与老搭档东方陌、杨九鲤反目成仇，形同陌路……所有人都在等待救世主孙小天的出现……

孙小天、东方陌、谛听和杨九鲤四人一路西行来到黑骨山附近的梨花城，刚进城内，四人便引起了骚动。原来百年前，此地曾是繁华的小满国，黑风法师与国后通奸被杀，死后怨气颠覆整个国度，一时间尸横遍野，小满国化为黑骨山，唯有梨花城幸免于难。从此梨花城内保持着男女不能公开交往的习俗，东方陌、杨九鲤公然并肩行走触犯了禁忌。为免伤及无辜，神猴一行人找到传说中的“黑风老妖”，没想到竟是一名柔弱美丽的女子苏落樱。她是黑风老妖与国后的私生女，本为死胎，因被黑风老妖注入怨气存活了下来。孙小天想帮助苏落樱化解体内的怨气，而东方陌则认为超度苏落樱最好的办法是杀了她。两人因此产生分歧。孙小天执意带着苏落樱去找怨念的根源黑风老妖，途中遇到了不满梨花城腐朽的禁忌、志在诛杀黑风老妖的凤凰部落。目的一致的一行人来到黑风老妖沉眠的墓穴。由于苏落樱体内召唤的力量，复苏了黑风老妖，一场恶战使凤凰部落死伤惨重，孙小天和东方陌也走向了决裂。此时的孙小天等人并不知晓，造成小满国亡国的并非黑风老妖，而是另有其人，黑风老妖的复活正中幕后主使的下怀，一场更大的阴谋正等待着他们。

集人间怨气的魔头妖祖即将现世，为了打败他拯救苍生，东方陌、谛听和功德掌门三人四处寻找身为神猴的化身——孙小天。与此同时，妖祖觊觎封印在神猴体内的两大神器，为了抓住孙小天，孙小天的父母被妖祖残忍杀害，大富之家孙府一夕之间家破人亡。凭借着超乎常人的意志力和我命由我不由天的乐观精神，失去法力和记忆的凡人孙小天一路砥砺前行，重拾本领。起初为亲人复仇，继而为天下大义，战魔头，驱妖邪。天将降大任，道阻且长，救世主孙小天的使命才刚刚开始……