电视剧《奸细》主要讲述了晋冀鲁豫边区三位共产党高级将领在新婚之日，却意外得知三人的新婚妻子中有一个是国民党潜伏奸细，为了查出这个代号“含羞草”的间谍，三对夫妻之间发生的曲折惊险、跌宕起伏的谍战故事。

战斗在林海雪原中的响水河东北抗联支队，在共产党的领导下，成功地发动北满环山镇群众进行武装起义，迅速扩大了队伍。他们神出鬼没地打击日寇，烧毁日军木材基地，给敌人以极大威胁。关东军大佐冈久派讨伐队抓不到响水河支队，向特务机关求援，特务头子大西派遣高级特务潘冒充已牺牲的共产党省委特派员田辛，打入响水河支队。响水河支队面临着一场新的生死存亡的斗争。潘大可利用省委特派员的身份制造阴谋，借刀杀人。他向大西告发环山镇警察分署署长杜知沛是抗联秘密安插的人，杜知沛在日特威逼下叛变投敌。在一次战斗中，潘大可挑动有个人野心的参谋吴昌茂制造假证，诬陷支队长丁浩章和他爱人军医杜知雯借杜知沛关系勾结日寇。在支队领导会议上，他不顾政委等人反对，急于以省委特派员名义宣布对丁浩章夫妇进行审查。潘大可的行为引起支队政委甘泉的怀疑和警惕，他冒着反对省委领导的风险，借故只身到哈尔滨找省委进行调查。甘泉走后，潘大可利用政治部主任向群左倾思想，大搞逼供信，迫使杜知雯含冤而死。对丁浩章夫妇素怀敬意的五分队长卢凤仙得悉要处决丁浩章的消息时，激起了极大义愤，带领球山镇部分起义战士抢走了丁浩章；后又在忍无可忍的情况下，离队出走，响水支队陷于分裂之中。甘泉在哈尔滨地下党组织配合下，查明了通向省委的汤河交通站已被日特控制，从而发现潘大可奸细直面目。甘泉掌握日寇急于要消灭响水河支队的心理，机智地利用奸细将计就计，诱使关东军冈久旅团自投罗网。卢凤仙怀着满腔仇恨毙了奸细潘大可，被奸细利用的向群和吴昌茂交代、清算了自己的错误，响水河支队在这场特殊的战斗中虽然付出了沉重代价，但整个队伍经受了考验，锻炼得更加坚强。

1948年，解放军发动了辽沈战役，个别城市先行解放。郴城就是其中之一。但是国民党潜伏特务、散兵游勇、惯盗悍匪等多重阴霾使郴城陷入了不战而乱的困境，混乱和萧条充斥这个大城市的角落。原地下党员秦天亮为了使群众在新政权下重拾生机，迎接挑战，接任了郴城军管会主任。秦天亮带领侦查处处长技连才、保卫处处长孙大虎以及国外留学回国的侦查顾问耶律麒开展了一场脱胎换骨的改造工作。耶律麒对新政权一直抱着怀疑态度，虽是私家侦探专家，却一直本着一天和尚撞一天钟的态度与军管会各级干部始终保持距离。但他在这些共产党人新同行的感召下，在榜样的影响下终于变成了一名坚强的战士，发挥自己的推理特长，抽丝剥茧层层深入，在领导的运筹和同事的帮助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋。