于府公子惨死，于府之人一夜之间全都变成草人。宋慈奉命调查，发现案情盘根错节，中途也接连遭到草人袭击。朝廷派丁广利协助宋慈，却使得案情更加扑朔迷离，但也让宋慈发现草人案是一场巨大的阴谋。

南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”，逐渐锁定了真凶，并发现了背后的巨大阴谋。最终，宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。

法医宋慈上任通古县县令，然上任当天便遇到前来盗取绝命诗案卷宗之人，三年前的一场冤案就此浮出水面，召文阁内数名书生又因绝命诗接连惨死，一时间“绝命诗索命”谣言四起，这一切到底隐藏着何种阴谋，真相终将浮出水面，只是隐藏在真相背后的冤屈，妻离子散的家庭，又该如何重聚……