这是一个怪兽如日常般威胁人类的世界。日比野卡夫卡原本立志加入“日本防卫队”，却放弃梦想，在怪兽清扫公司工作。与他一同发誓“两人一起消灭所有怪兽”的发小·亚白米娜已经成为第三部队队长大显身手，再加上遇到了想要加入防卫队的后辈·市川莱诺，以此为契机，卡夫卡再次开始追逐梦想。就在这时，一只神秘的小型怪兽让卡夫卡“变身成怪兽”获得了巨大的力量！卡夫卡被命名为“怪兽8号”，在全日本遭到追杀，但他依然没有放弃成为防卫队员的梦想，与怪兽灾害进行着抗争。

在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近。意志与力量得到继承，新的编号怪兽武器适配者诞生，防卫队史上最大的危机也即将来临……