故事讲述了海上丝路新一代的守护精灵南珠宝宝，承继祖先遗志，为了寻找夜明珠并封印破坏海上丝路安宁的海怪，他和精灵导师贝贝及好伙伴海马宝宝一起沿着古代海上丝路的沿线各国，重走海上丝路。

《海上丝路南珠宝宝》是一部以“一带一路”战略为题材的大型3D电视动画片。该动画片以古代海上丝绸之路为背景，采用先进的3D动漫技术制作，讲述了南珠宝宝在海上丝绸之路与海怪作斗争的故事。

《海上丝路南珠宝宝2》的故事发生21世纪初期的中国北部湾海洋，在这个虚构的童话世界里，精灵、动物和人类和谐共存，他们相互交流，相互影响，精灵和动物们不仅拥有与人类一样的七情六欲，拥有理想和追求，还拥有一些特殊的能力，比如主角南珠宝宝就拥有精灵的超能力，在特定的时候会爆发，发挥作用。