在遥远的未来，海水淹没陆地，人类几乎全部飞离了地球，只剩几个人类在水底等待最后的发射，整个地球只剩下海水和海洋生物。一只爱冒险，名叫“深深”的章鱼以及仅存的水生动物同类们，在传说中的“海霸琨爷”（大章鱼）的保护下，生活在一个神秘的海底洞穴。但一起意外摧毁了他们的家，“深深”和他的朋友必须前去人类之城找到琨爷的老友“南森”（大白鲸）解救危机，他们必须面对强大的敌人，开启了他们的冒险之旅。

在海底大都市世界，有一颗能够吸收海洋污染的“海洋之星”。在一次羊狼争夺的过程中，“海洋之星”分裂成诸多碎片，散落在海里。为了收集更多碎片，掌握“海洋之星”控制权，小羊们和灰太狼斗智斗勇，在海底上演一场又一场的收集碎片竞赛。

部分依据凡尔纳小说《十五岁的小船长》改编。　　范哈塞尔号被海盗洗劫并烧毁，6名幸存者被一艘捕鲸船救起，剧烈的风暴又将捕鲸船打沉在非洲海岸附近，死里逃生的人们登上陆地，他们将面对陌生的自然环境、可怕的食人蚁、强盗、奴隶贩子......

小海绵和朋友们的深海历险