清末，沧州的乡下郎中喜来乐常常以奇招怪法治病救人，本与世无争，京城的靖王爷的格格得了重病被太医王天和宣布为绝症，靖王爷亲信鲁正明将喜来乐拉到京城为格格治病，喜来乐用裸体熏浴法将牙关紧闭、汤水不进的格格救活，赢得靖王爷称赞，但却引起王太医切齿的嫉恨，于是千方百计对喜来乐加以谋害。喜来乐本来就恋着在沧州开饭馆的情人，年轻漂亮的寡妇赛西施，更不愿在京城这是非之地与王太医纠缠，他几番谢绝靖王爷挽留美意，靖王爷和鲁正明用计终于将他留在京城，并把他设在沧州的“一笑堂”搬到京城来开业。在京城，喜来乐先是屡屡以偏方怪招儿疗治好各类病人的疑难杂症，令京城人大开眼界，赢得神医的美誉，后又进皇宫以妙方给珍妃瞧好了杖伤，得到皇上的赏识。这更叫嫉贤妒能的王太医寝食难安，他派人火烧了刚刚建好的“一笑堂”，听说喜来乐葬身火海，王天和不免又自我良心折磨，跪在菩萨面前忏悔。不料喜来乐阴差阳错的逃离了火场，王天和杀心愈切，屡屡在慈僖太后面前诬陷喜来乐，喜来乐不得不与王天和展开一番又一番的周旋较量，虽然他以自己独特的狡黠一次又一次地躲闪过王天和的暗算，但他仍苦恼不已，同是行医人，为什么如此苦苦相煎？

讲述了神医华佗行侠仗义、四处行医,以及他和一位公主之间的情感纠葛故事.

人世间，真正长生不老的，是亘古不变的真情 　　黑齿国；西南神秘之地。缇萦乃名医淳于意的女儿，因不好好学医，反而整天惹祸，被父亲罚到山中采药。时；大将军刘襄奉吕后命进攻黑齿国。被惊吓的缇萦巧遇前来盗取「不老药」的刘章，二人相遇后即展开一波波的事件。刘章出身贵族，表面上是吕后宠信的杀手，其实有他不为人知的计画。与哥哥刘襄和妹妹刘珊感情非常好。 　　是夜；莫娘入宫盗药，吕后震怒擒捕京城医生，淳于意入牢，缇萦心急救父，结识琴子。 　　刘章小时候无意中使得翁主琴子落入寒潭，造成终身痼疾，刘章在抱憾下对琴子的感情是亏欠，以致琴子误会对她有爱，是吕后利用的棋子来制造刘襄与刘章兄弟间的矛盾。 　　刘章依线索找到回春的莫娘，抢得「不老药」时；缇萦在琴子引荐面见吕后，一场激辩，吕后心服答应放人，因刘章已带回药，羁留医生已无必要。服了「不老」药的吕后果然青春貌美，为展现青春，宴邀文武百官。席间；吕后感觉身体不适，借故退席。原来「不老」药有时间限度，必须再服「长生」药，方可长生不老。吕后命刘章追找莫娘，夺取她身上的「长生」药，同时延请淳于意入宫，组成研究小组，在秘密基地研究长生不老药的秘方。 　　淳于意的无端失踪令缇萦忧急在心，四处打听寻人，此间大弟子骆凡与姊姊缇乐为霸占家产赶走缇萦。吕后服下长生不老药之后，性情大变，倒行逆施，为家天下，对刘氏施压。刘章深感刘襄对吕后唯命是从，助纣为虐，兄弟俩渐行渐远，终至反目。刘章在复国重任与兄弟情间双重夹击下与无家可归的缇萦周游列国由相知、相惜、相恋。 　　项云；西楚霸王项羽的后裔，在一次误以为死亡之下为缇萦医术所救，因之爱上缇萦。另；琴子不甘刘章离她而去，一路追赶而来，四人陷入感情漩涡。项刘不两立，缇萦为化消项羽后裔与刘家的恩怨牺牲，怀着感恩与痛苦的心境，背着成为活死人的缇萦历尽艰难，往巴蜀找到长生不死的扁鹊，以起死回生，救活缇萦。（其实乃淳于意假扮）直到查出父亲暗中为吕后制造「长生不老」药，忍痛与父亲决裂，联手刘章毁掉父亲心血。长生不老药的后遗症是缩短寿命，一如昙花，虽美但不长在，所以吕后心中的敌人是--时间，为「长生」与「不老」做批注。　　

影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份，加入了伊斯巴罕一所只招收穆斯林和犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

无父无母的孤儿李阳被三位师娘收养在潜龙山学医学武，成年后奉师娘之命下山寻找未婚妻苏小雨，哪成想一下山就遇到了改名苏清雨的未婚妻，二人的命运无形中纠缠在了一起。随后李阳因寻找苏小雨战血堂、斗庸医、展医术，最终成为名震江州市的大人物并抱得美人归。