1542年的西班牙，治安官鲁伊发现一起凶杀案，凶手在死者的身上用刀刻着字母“D”。然而在他寻找线索的过程中，尸体居然不见了。接下来，一位公爵的情妇也以同样的方式死于非命，这让小镇上人心惶惶，却没有人敢议论任何关于凶手的话题。鲁伊的旧情人卡门作为公爵的遗孀，对公爵之死表现出极为反常的态度，这让鲁伊大为不解。随着调查的深入，鲁伊意识到自己被卷入了一场阴谋，原来所有的死者都被列在了一份统治者手中的神秘名单里。在为了维系西班牙皇室血统的大清洗行动中，死伤无数，鲁伊的妻子也被困为人质无法幸免于难。为了安身立命，鲁伊和卡门结为夫妇。而大批像他们一样的人也从此从此隐姓埋名，以求得生存的权利。

生活在诹访原市的及其普通的学生藤井莲，和亲友游佐司狼互殴决斗后，绝交。其后仍然与青梅竹马绫濑香纯和学姐冰室玲爱一起过着学园生活。但他所居住的诹访原市开始出现无差别断头杀人事件。并且奇怪的是，莲这时开始做起自己在断头台上被斩首的噩梦。而这对他来说，只是充满恐惧和痛苦的战争的前兆。日常生活被颠覆。暗处超常人群在暗暗行动。城市成为战场，超乎寻常的事情向莲袭来。面对不战斗就无法生存的现实，他是否能夺回自己平凡的生活呢？

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