该片叙述聂小倩（陈庭妮饰）穿越500年，来到现代碰上转世的宁采臣（莫子仪饰），以及心里一直挂念她的道士燕赤霞（李铭顺饰），展开人鬼三角恋，剪不断、理还乱时，更遇上树妖姥姥（刘松仁饰演）的绝地复仇。

道士燕赤霞和书生宁采臣，为了除掉树妖姥姥救出受制于姥姥的聂小倩，与众侠士在兰若寺中与姥姥大战，不慎引发乾坤金印的时空穿梭神力，被金印传送到了现代。来到现代的燕赤霞、宁采臣和聂小倩从妖魔手上救下女主角媛媛，三人在媛媛家暂时安顿，却给媛媛带来了诸多麻烦。另一边，一同来到现代的姥姥和蛇妖处心积虑的想要利用乾坤金印的神力，妄图将兰若寺搬到现代，把人间变成妖魔的乐园。燕赤霞和媛媛完全不知道已经进入了姥姥的巨大阴谋之中。最终，媛媛牺牲了自己阻止了姥姥的邪恶计划。而燕赤霞抱着死去的媛媛消失在了夜空之中。多年以后，在现代社会生活已久的燕赤霞，遇到了一个觉得他似曾相识的女孩，而那个女孩的相貌和媛媛一模一样。

被妖物控制的孤弱少女聂小倩，为给树妖姥姥准备贡品，偶然间遇到上京赶考的书生宁采臣。本性善良的小倩再多次与宁采臣接触后，被期纯真的品质锁打动。宁采臣得知小倩境遇后，请求燕赤霞取回小倩元魄，不料遭到黑山老妖阻拦，从而渡过了一段曲折艰辛从妖到人的经历。最终邪不胜正，宁采臣与聂小倩终成眷属。

远古时代，轩辕以女娲补天的晶石炼就一柄神剑号领三界和谐相处。后来，神剑失落至三界混乱。武士“宁”与魔界黑风老妖大战得胜，轩辕德行得以延续。不甘失败的黑风伺机偷袭“宁”，“宁”死前将神剑投入山石中，变回晶石藏在峭壁中，襁褓中的“宁”子被一只小白狐救走，自此宁家与狐族结下不解之缘。三千年后，狐族后代小倩偶遇宁家后代宁采臣并欲追杀之。昆仑山道士、小倩的修行引渡人燕赤霞不明小倩为何大开杀戒。原来是黑风告诉狐族：千年前狐族灭族血案乃宁采臣先人所为。燕赤霞、采臣、小倩、雨生等人找到了真相：狐族的仇人就是黑风。于是采臣等人共同血战，消灭黑风，最后小倩与神剑合为一体。