蔷薇少女樱田纯，一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。 有一天，樱田纯收到一封自称是人工精灵崛江的来信，上面只写一个“上发条还是不上发条”的选项，在好奇心驱使下纯选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个非常美丽而且质感近似真人的少女人偶，使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶像有生命般的活动起来，并且告诉纯她的名字是真红。 纯在万般无奈下不明白怎么回事就糊里糊涂地成为了真红的媒介，结下了主仆关系。之后，一个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前。称为Rozen Maiden（蔷薇少女） 的人偶们的战斗就此展开了…… 由人气漫画家PEACH-PIT创作的第一个漫画作品《蔷薇少女》，以“不可思议的幻想沉醉世界”为号召，的确是不可思议的唯美与神秘。

故事讲述主人公樱田纯在收到“上发条，还是不上发条”的问题时，选择了“不上发条”，没有和第五人偶真红相遇，平凡度过了中学并考入大学。然而本不该存在蔷薇少女的这个平行世界，终于还是出现了真红的身影……

樱田纯是一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵荷里耶的来信，上面只写着“上发条”、“不上发条”的选项，在好奇心的驱使下选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个美丽而且质感近似真人的人偶少女。当纯使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶有生命般地活动起来，对纯说：“我是真红，蔷薇少女第五人偶。”正在这时，突然了出现被神秘人操控的小丑布偶，在生命受到威胁的紧急情况下，纯虽万般无奈还完全搞不清楚发生了什么事，却只能稀里糊涂地成为了真红的媒介，结成主仆关系。之后，一个个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前，称为“蔷薇少女(Rozen Maiden)” 的人偶们的战斗就此展开了…

七个具有生命的人偶，七个美丽夺目的少女，她们已经超越人偶的存在，拥有不变的容颜，强大的力量。但却没有一个是父亲心里最完美的爱丽丝。痛苦的罗真消身匿迹，留下的蔷薇少女们。为了见到父亲，为了得到父亲的爱，她们坚信只要将姐妹体内的蔷薇圣母聚集到一起，便可以进化成为爱丽丝。罗真制造的七个蔷薇少女的传说，最终演变成一场她们自相残杀的战斗，但是这场战斗有个美丽的名字——AliceGame。就这样作为唯一的梦想，唯一活着的理由，她们不断觉醒又不断沉睡，与不同人缔结契约，在N之梦境中不断寻找姐妹战斗。

蔷薇少女真红收到了樱田纯送给她的胸针， 而水银灯也收到了柿崎惠送的红蔷薇，引起了她们对往事的回忆……

过着家里蹲般生活的少年纯，某日在打工的商店收到退回来的一本教导如何制作人偶的神秘杂志，受到了冲击。回家之后发现杂志的第2期和附赠的人偶零件，并得知只要能凑齐这些杂志附送的零件便可以组装得到第5人偶真红。纯接受了邀请并开始组装零件，在数期之后却接到了神秘杂志社的休刊通知，并得知由于第7人偶雪华绮晶的干扰，零件无法送到，需要纯自己去N之领域去拿；同一时刻他还收到了一封来自过去的自己所发来的简讯，声称由于雪华绮晶的力量过于强大无法与其匹敌而需要借助未来的纯的力量……