飞虎队出动途中遇到恐怖袭击，飞虎队员惨死当场，警队仕气大受打击，政府决定从警队各部门挑选精英份子成立一支新的飞虎队。 东东（陈晓东 饰）刚从警校毕业，第一天上班即遇上越南杀手杀人，亲眼看着拍档被杀，更被杀手用枪指头，虽能死里逃生，但已形成心里恐惧，决定加入BOB。东的老同学家菜（谢天华 饰），亦被推荐入BOB，全体队员要在训练营中受训，当中只有Coolman（张智霖 饰）特别孤僻冷傲，对东东尤其带有莫名敌意，令东东不解。 一次，Coolman在自由抟击对打中将东打伤，始知两人乃同父异母之兄弟。 BOB的训练来到最后阶段，Coolman和东及住家菜一组，在荒岛上再遇上次的越南杀手，东的心理病再现，家菜被杀，Coolman和东亦险丧命。

指挥官展瀚韬领导的飞虎队行动组A Team，经过一年的合作和锻炼，各队员渐渐成熟，合作更具默契，而面对的新挑战也接踵而来。随着旧拍档相继离队，俞学礼等A Team成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批新队员。大家都认定瀚韬是总督察的最佳人选，但最后总督察却由潘子龙担任，众队员大表诧异之余，更要重新适应子龙的新作风。 瀚韬的最佳拍档、飞虎队狙击手庄卓源与女友丁慧慧彼此认定为终身伴侣，慧慧为支持卓源、深入了解卓源的工作，竟辞去空姐一职。卓源感情生活稳定，但工作上却遇到瓶颈。另一边，一心想成为女飞虎的苏文强，经过多重辛苦训练，终如愿所长。文强与学礼日久生情，二人正要确认彼此关系时，又出现了感情的牵绊。 飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则。其他队员团结一致保护犯错队友，惟瀚韬公正不阿。向来团结的A Team面临四分五裂，瀚韬将如何化解危机？

《飞虎之雷霆极战》讲述了为应对重大特殊案件而建立的A-Team，秉持着恪尽职守、扬善除恶、公正无私的中国香港警察精神，在一次次秘密行动中阻止各类犯罪案件及不法分子破坏，保护市民安全，维护社会治安和繁荣发展的故事。