该剧主要讲述了生活在井底的金池族精灵们长期受霸王的欺压，金池族王子皓天不甘心做霸王的奴隶，于是决定带领精灵们对霸王进行反抗，霸王为阻止皓天的行动将其抓捕。此时魔法学院的魔法少年们接到小精灵的报告有一个精灵掉到井底之后失踪，魔法少年快速前往救援。魔法少年跳入井底寻找失踪的精灵，发现了被霸王统治的黑暗世界。魔法少年们先打败了替霸王守护井口的黑白双煞救出了皓天等人，在皓天向魔法少年们阐述了金池族的悲惨经历后魔法少年们决定帮皓天一起对抗霸王，在魔法少年和金池族精灵们共同的努力下最终将霸王打败。金池族恢复了自由和平，而勇敢有担当的皓天则被魔法学院录取成了一名优秀的魔法少年。

接上一季事由，皓天在取六大令牌拯救教官的过程中得知了自己是来自金池族的精灵，皓天对自己的身世感到很好奇，皓天到底拥有什么样的身世之谜呢？故事就此展开，时间回到五年前，魔法学院正在举行一年一度的魔法开放日活动，魔法少年和小精灵们在教官的带领下有序的展示着变身动作，此时几个小精灵匆匆跑入魔法学院告知小黄精灵掉入井里之后失踪，教官意识到有新的黑暗势力在蠢蠢欲动，魔法少年们主动请战去寻找小黄精灵。在阴暗的井底下有一个金池族，族长阿丽塔正带领着小精灵们辛苦的劳作，阿丽塔告知小精灵们完成霸王规定的采摘任务后就可以得到假期，小精灵们欢呼雀跃。阿丽塔看到一旁闷闷不乐的皓天正对着远方发呆，皓天告知阿丽塔要去魔法学院学习本领，他想打败霸王为金池族争取自由，阿丽塔阻止皓天的想法。