月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。 崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。 纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。 J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。 为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，热血沸腾惊心动魄的动作追车场面层出不穷，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。

为了守护世界的和平，黑衣人组织王牌探员H（克里斯·海姆斯沃斯 饰）和新晋探员M（泰莎·汤普森 饰）这对全新搭档将联手抗敌。他们这次的对手十分危险，可以随意伪装成任何人的样子，甚至可以伪装成黑衣人探员。他们即将踏上一场环球追缉旅程，拯救黑衣人组织，拯救世界。

讲述了英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救了世界的一系列故事。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击。

在未来的某个时代，外星人早已来到地球并且改变成人的外形生活在地球人中间。但是这个事实很少为普通人所知。为了确保让外星人遵守地球上的法律法规，政府专门成立了一个机构，对他们进行监督。这个机构人员的统一着装是一身黑色西服，所以称他们为“黑衣警探”。

约翰·卡什（杰昆·菲尼克斯 Joaquin Phoenix 饰）本是个阿肯色州乡村小子，儿时一场意外令他弟弟身故，从此他便活在父亲（罗伯特·帕特里克 Robert Patrick 饰）的谴责和嘲讽下无力翻身。爱音乐的他慢慢以乡村歌手成名，也有了自己的家庭，但外出巡演时偶然接触到毒品慢慢令他不能自拔，将他带入深渊。吸毒令妻子薇薇安（詹妮弗·古德温 Ginnifer Goodwin 饰）带着孩子离开了他，他只好去找心仪已久、但因婚姻在身无法在一起的女歌手琼·卡特（莉丝·威瑟斯彭 Reese Witherspoon 饰），后者给予他援手，帮助他戒毒，却也一次次拒绝了他的求爱。戒毒成功的卡什得以重启事业，和卡特的爱情也在两人的舞台上终成正果。

人到中年的杨树是单身女老板唐红的私人司机，带着18岁的女儿杨树苗青春期的她任性强硬，和杨树冲突不断。唐红一直没有结婚，虽然身边有土老板孟来财追求，但她爱着杨树，对杨树苗也关爱有加。碍于身份的考虑，正直老实的杨树一直不愿意接受唐红的爱意。在女儿设计下，杨树结识了颇像前妻的年轻女孩顾菁菁，两人互生好感。杨树就这样夹在了唐红和顾菁菁之间，一幕幕喜剧故事上演。后来，前妻的回国，让杨树放下了了对前妻的执念，在与唐红的相处中杨树看清自己的感情，勇敢面对她的爱，两人最终走到一起；顾菁菁在与孟来财相识后，惺惺相惜的二人也产生真挚感情，最终四人各自情归所属。